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Le chercheur Jonas Korlach, nous explique une des grandes lacunes qu’il a pu observer depuis qu’il a fondé une entreprise sur le séquençage du génome humain. Voici le fruit de son analyse.

Des groupes ethniques sous-représentés

La sous-représentation des groupes ethniques non blancs dans la recherche scientifique et les essais cliniques est une tendance inquiétante. Les implications de ce problème dans le domaine limité des essais cliniques ont été signalées, mais les racines de la disparité sont beaucoup plus profondes.
Les bases de données sur la génomique humaine – c’est-à-dire les collections de toute l’information génétique qui a été séquencée au fil des ans – sont également fortement biaisées en faveur des personnes d’origine européenne.
Cela crée une iniquité dans l’utilité de l’information qu’ils contiennent, qui informe sur presque tout; des résultats des tests génétiques aux résultats des essais cliniques, garantissant ainsi que ces populations ethniques en bénéficieront également. Si rien n’est fait, ce biais inhérent aux bases de données continuera de contribuer au manque de diversité observé dans les essais de médicaments ainsi qu’à l’inégalité des taux de réussite en médecine de précision.
Le manque de diversité dans la recherche médicale découle non pas d’un préjugé insidieux, mais plutôt de la structure sous-jacente de la science. Dans les premiers temps de la génomique, le financement des projets de séquençage était souvent le plus élevé dans les pays à prédominance blanche, de sorte que ces populations sont naturellement mieux représentées dans les bases de données publiques.

Des minorités ethniques maltraitées 

En outre, certaines minorités ethniques ont été historiquement maltraitées par les scientifiques – l’expérience de la syphilis de Tuskegee est l’un des exemples les plus notoires – et maintenant les membres de ces minorités sont naturellement réticents à participer à des études de recherche.
Lorsque le milieu de la recherche a commencé à séquencer les génomes humains, il était donc inévitable que les résultats initiaux aient une meilleure correspondance biologique avec certaines populations qu’avec d’autres. Il a fallu du temps pour analyser suffisamment de personnes pour comprendre toute la diversité qui existe au sein des populations et entre elles.
Les premières études étaient également biaisées par le type de variation génétique qu’elles incluaient. Au départ, les scientifiques n’ont examiné que les différences infimes de l’ADN à une seule base entre les populations, ignorant les variations plus importantes dans les séquences génomiques qui étaient plus difficiles à évaluer.
La communauté a appris qu’il y a beaucoup plus de ces grandes variations dites structurelles que prévues. On sait maintenant qu’elles causent des maladies génétiques et influent sur la façon dont les médicaments sont métabolisés par les individus et les populations ethniques.
Les technologies de séquençage précoce n’étaient pas en mesure de les détecter avec précision, mais des technologies plus avancées permettent maintenant aux scientifiques d’identifier des variations qui, dans de nombreux cas, n’ont jamais été observées auparavant.

Un exemple des variations structurelles 

Il s’agit d’un pas en avant passionnant: nous constatons que certaines de ces variations structurelles peuvent expliquer des maladies pour lesquelles aucune cause n’avait été trouvée auparavant: comme le complexe de Carney, par exemple, un trouble rare qui provoque des tumeurs dans de nombreuses parties du corps; ou une mutation qui peut contribuer au trouble bipolaire et la schizophrénie. Ces nouvelles technologies rendent également le séquençage complet du génome humain beaucoup plus abordable.
Grâce à ces progrès, je suis heureux d’annoncer que le milieu de la génomique peut maintenant commencer à s’attaquer au problème de l’amélioration de la diversité ethnique dans nos bases de données. En tant qu’expert scientifique en chef d’une entreprise de technologie de séquençage d’ADN, je suis témoin de ces efforts à chaque jour.
Par exemple, de nombreux pays ont lancé des projets sur le génome de populations spécifiques qui visent à produire des génomes de référence de très haute qualité. Les excellents résultats obtenus par ces méthodes en Corée, en Chine et au Japon ont permis d’obtenir des ressources génomiques qui permettent de mieux comprendre la diversité génétique naturelle de ces populations, avec des implications cliniques pour toutes ces personne d’origine coréenne, chinoise ou Japonaise.
De telles séquences de grande qualité permettent également de nouvelles études à grande échelle de groupes ethniques spécifiques afin d’améliorer considérablement leur représentation dans les bases de données génomiques.

Une variante propre à une population 

Déjà, ces projets ont mené à de nouvelles découvertes qui peuvent rendre les essais cliniques et les soins médicaux plus fructueux pour les participants ayant ces antécédents génétiques. Par exemple, le Korean genome project a découvert une variante d’un gène propre à une population qui régule la métabolisation de certains médicaments par le corps; il s’agit d’information essentielle pour le dosage et pour évaluer la probabilité qu’un patient réponde à une thérapie spécifique.
Au fur et à mesure que ces projets progresseront, il y aura des découvertes tout aussi importantes qui seront pertinentes pour un certain nombre de groupes ethniques. Un effort continu des National Institutes of Health appelé  « nous tous » vise à séquencer un échantillon diversifié d’Américains selon le sexe, l’orientation sexuelle, l’origine ethnique et la race. Une approche inclusive est un objectif essentiel de ce programme, et la participation est gratuite afin d’ouvrir les portes à tous ceux qui veulent la rejoindre.
Dans le domaine des maladies rares, le séquençage du génome s’est révélé remarquable pour ce qui est d’augmenter le taux de diagnostic, donnant des réponses à des patients qui, autrement, n’auraient pas été diagnostiqués.
Aujourd’hui, cette approche est la plus efficace pour les patients de race blanche parce qu’une plus grande partie de leur ADN peut être interprétée à l’aide des banques de données génomiques; les personnes d’ascendance différente sont moins susceptibles d’obtenir des réponses définitives.
Mais au fur et à mesure que nous recueillons des données sur les personnes d’autres origines ethniques, nous pouvons nous attendre à ce que de tels succès quant au diagnostic des maladies rares s’étendent rapidement aux patients de toutes origines. Compte tenu de la charge collective que représentent les maladies rares, cette avancée permettra d’améliorer considérablement les soins de santé dispensés à des centaines de millions de personnes.

Une représentation plus diversifiée 

Pour réaliser la vision de la médecine de précision qui peut s’appliquer également aux personnes de n’importe quel groupe ethnique, il faut une représentation plus diversifiée dans les dépôts biologiques qui sous-tendent les programmes cliniques.
La technologie avancée de séquençage de l’ADN est l’un des nombreux outils nécessaires pour produire de meilleurs renseignements sur les personnes de toutes les origines ethniques en vue de l’application équitable de ces données dans la pratique clinique.
Au sujet de l’auteur
Jonas Korlach, Ph.D., est directeur scientifique de Pacific Biosciences, en Californie, un fournisseur de technologies avancées de séquençage de l’ADN.
Source : Scientific American

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