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Pendant la grossesse, le placenta fournit au fœtus tout ce dont il a besoin pour se développer: oxygène, nourriture, élimination des déchets et même anticorps du système immunitaire de la mère. Mais pas de microbes. Une nouvelle étude révèle que le placenta est dépourvu de bactéries, réaffirmant l’idée que les fœtus acquièrent un microbiome à la naissance.

Les fœtus acquièrent un microbiome à la naissance

Cette étude est la dernière salve dans un débat animé sur le moment où les humains acquièrent pour la première fois les microbes qui façonnent leur traitement des éléments nutritifs et leurs capacités à lutter contre les maladies plus tard dans la vie.
L’idée d’un utérus stérile existe depuis plus d’un siècle. Mais en 2014, une étude a révélé que le placenta hébergeait des bactéries similaires à celles que nous trouvons dans notre bouche: certains microbes peuvent passer de la bouche de la mère à son sang et, de là, au fœtus. Depuis lors, les scientifiques se sont demandé si les signaux bactériens du placenta étaient réels ou étaient des contaminants.
Les chercheurs espèrent régler ce débat avec la plus grande étude jamais réalisée, une analyse des placentas récupérés auprès de plus de 500 femmes peu après l’accouchement. Publiée aujourd’hui dans Nature, cette étude indique que les placentas en bonne santé ne contiennent pas de bactéries.
Pour identifier les faibles signaux d’une population microbienne potentiellement petite dans le placenta et non des signaux de fond, les chercheurs ont utilisé deux méthodes de séquençage de l’ADN. Une approche ciblait des parties des gènes communes à toutes les bactéries. L’autre approche était plus large, associant tous les ADN présents et les cartographiant pour des espèces bactériennes et animales spécifiques, explique le coauteur Stephen Charnock-Jones, biologiste de la reproduction à l’Université de Cambridge au Royaume-Uni.
Les chercheurs ont pris soin d’inclure un certain nombre de contrôles. Par exemple, ils ont enrichi des échantillons avec un microbe pathogène trouvé chez les lézards. En incluant une quantité connue d’une bactérie qui ne serait pas présente chez l’homme, les chercheurs avaient un critère pour mesurer l’abondance d’autres bactéries.
Ils ont également comparé les signaux bactériens avec ce qu’ils attendaient d’une contamination par des sources notamment les kits de séquençage de l’ADN ou le processus de naissance lui-même. Ils ont constaté que certains microbes étaient plus fréquents lorsque les femmes accouchaient par voie vaginale plutôt que par césarienne, ce qui suggère que ces bactéries pénètrent dans le placenta au moment de la naissance plutôt que d’y vivre avant la naissance.

L’ensemble de ces résultats montre qu’il n’y a pas de microbiome dans le placenta

Après avoir éliminé les sources de contamination, les chercheurs ont découvert un seul type de bactérie: Streptococcus agalactiae. Cette souche, présente dans seulement 5% des échantillons, est un signe d’infection et peut provoquer une septicémie mortelle chez le nouveau-né. Pris ensemble, ces résultats montrent qu’il n’y a pas de microbiome dans le placenta à moins qu’il ne soit infecté, explique Charnock-Jones.
Ce résultat négatif est important car il témoigne des défis auxquels la recherche sur le microbiome est confrontée, déclare Eran Elinav, immunologiste et spécialiste du microbiome à l’Institut scientifique Weizmann de Rehovot, en Israël. La recherche sur le microbiome a débuté et se concentre sur les communautés microbiennes dans l’intestin, abritant des milliards de bactéries.
Cependant lorsque les chercheurs se penchent sur des écosystèmes plus petits, il devient plus difficile de faire la distinction entre les colonies véritablement indigènes et une contamination. «J’apprécie vraiment les efforts déployés par les chercheurs pour utiliser les meilleurs outils disponibles dont nous disposons aujourd’hui pour répondre à cette question très fondamentale», a déclaré Elinav.

Mais des chercheurs doutent de ces résultats

Mais Kjersti Aagaard, spécialiste en médecine fœtale maternelle au Baylor College of Medicine et au Texas Children’s Hospital de Houston, n’est pas influencé par ce dernier résultat. Aagaard, qui a dirigé l’étude de 2014 sur la découverte d’un microbiome placentaire, affirme que bon nombre des signaux que l’expérience a qualifiés de «contamination» sont en fait des preuves du microbiome placentaire. Par exemple, elle n’est pas d’accord avec le choix des chercheurs de ne pas tenir compte de certains microbes trouvés sur le placenta simplement parce qu’ils chevauchent ceux trouvés dans le vagin.
Aagaard continue de rechercher des moyens de détecter ces signaux bactériens et de comprendre le rôle que pourraient jouer les microbes dans le placenta. Selon elle, une des hypothèses est que les microbes placentaires empêcheraient la colonisation du fœtus par des bactéries dangereuses.
Bien que Nicola Segata, un biologiste informaticien de l’Université de Trento en Italie, trouve les derniers résultats négatifs convaincants, il sera difficile de rassembler des preuves définitives d’un utérus stérile. La collecte du placenta ou du liquide amniotique après la naissance offre une fenêtre sur la formation possible du microbiome du nouveau-né, alors que les méthodes d’observation directe seraient à la fois contraires à l’éthique et à la technique complexe de la recherche scientifique.
Source : Science
Crédit photo : Pixabay

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