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Le tube digestif humain abrite des milliers de bactéries différentes. Nombre d’entre elles sont bénéfiques, tandis que d’autres contribuent à des problèmes de santé tels que les maladies inflammatoires de l’intestin.

Cataloguer les bactéries des intestins

Des chercheurs du MIT et du Broad Institute ont isolé et conservé des échantillons de près de 8 000 de ces souches, tout en clarifiant leur contexte génétique et métabolique.Les chercheurs ont prélevé des échantillons de selles d’environ 90 personnes sur une période allant jusqu’à deux ans, leur permettant ainsi de mieux comprendre l’évolution des populations microbiennes au fil du temps chez les individus.
Cette étude s’est concentrée sur les habitants de la région de Boston, mais l’équipe de recherche recueille actuellement une plus grande diversité d’échantillons provenant du monde entier, dans l’espoir de préserver les souches microbiennes qui n’existent pas chez les personnes vivantes dans des sociétés industrialisées.
«Explorer cette diversité génétique et fonctionnelle est fascinant – partout où nous regardons, nous découvrons de nouvelles choses. Je suis convaincue qu’il est essentiel d’enrichir les biobanques avec une grande diversité de souches provenant d’individus ayant des modes de vie différents », a déclaré Mathilde Poyet, postdoc senior au MIT et l’un des auteurs principaux de cette étude. Mathieu Groussin, associé de recherche au MIT, et Sean Gibbons, ancien postdoc, sont également les auteurs principaux de cette étude, qui paraît dans le numéro du 2 septembre de Nature Medicine.

Nous avons des milliards de cellules bactériennes 

Les humains ont des milliards de cellules bactériennes dans leur tube digestif et, bien que les scientifiques pensent que ces populations changent et évoluent avec le temps, il y a eu peu d’occasions de l’observer. Grâce à l’organisation OpenBiome, qui collecte des échantillons de selles à des fins de recherche et à des fins thérapeutiques, Alm et ses collègues du MIT et du Broad Institute ont eu accès à des échantillons de selles provenant d’environ 90 personnes.
Pour la majeure partie de leur analyse, les chercheurs se sont concentrés sur les microbes trouvés chez environ une douzaine d’individus ayant fourni des échantillons sur une longue période, allant jusqu’à deux ans. «C’était une opportunité unique, et nous avons pensé que ce serait un formidable groupe de personnes qui essayerait vraiment de caractériser plus précisément les populations microbiennes», déclare Alm.

Ils ont isolé un total de 7 758 souches parmi les six principaux phylums

Les chercheurs ont pu isoler un total de 7 758 souches parmi les six principaux phylums de bactéries qui dominent le tractus gastro-intestinal humain. L’analyse de l’évolution des populations microbiennes d’un hôte à l’autre a permis aux chercheurs de découvrir de nouvelles interactions entre souches. Dans un cas, les chercheurs ont trouvé trois souches apparentées de Bacteroides vulgatus coexistant dans un hôte, qui semblaient toutes avoir divergé d’une souche ancêtre de l’hôte.
Les chercheurs ont également mesuré les quantités de nombreux métabolites présents dans les échantillons de selles. Ils ont également mis en ligne toutes leurs données et offrent des échantillons des souches de bactéries qu’ils ont isolées, ce qui permet à d’autres scientifiques d’étudier les fonctions de ces souches et leurs rôles potentiels pour la santé humaine.

Collecter le microbiome d’une plus grande diversité de populations à travers le monde

Les chercheurs ont également lancé un projet à plus grande échelle pour collecter des échantillons de microbiome provenant d’une plus grande diversité de populations à travers le monde. Ils se concentrent particulièrement sur les populations sous-représentées qui vivent dans des sociétés non industrialisées, car leur régime alimentaire et leurs microbiomes devraient être très différents de ceux des personnes vivant dans des sociétés industrialisées.
«Il se peut que lorsque les populations qui ont eu un mode de vie traditionnel commencent à adopter un style de vie plus industrialisé, elles risquent de perdre une grande partie de cette biodiversité. Nous pourrons ensuite le caractériser ultérieurement », explique Alm.
Source : MIT
Crédit photo : Pixabay