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Plus de 2500 nouveaux virus ont été découverts en analysant l’ADN récupéré sur des cellules humaines et animales. La méthode qui a été utilisée permet d’identifier d’innombrables autres virus.

Des centaines de nouveaux virus inconnus

Il existe des milliers d’espèces de virus, mais seulement 9000 environ ont été suffisamment bien caractérisées pour que leur génome soit inclus dans la base de données définitive des séquences de référence, construite par une branche des Instituts nationaux de la santé des États-Unis.
Une équipe dirigée par Chris Buck à l’Institut national du cancer de Bethesda, dans le Maryland, avait auparavant analysé des échantillons de tissus humains et animaux pour y rechercher de l’ADN viral.
À l’époque, ils étaient à la recherche de nouveaux papillomavirus et polyomavirus, dont certains provoquent le cancer. Contrairement à de nombreux autres virus, ces nouveaux groupes ont des génomes constitués d’ADN circulaire.
« Je pense que nous sommes sur le point de connaître toutes les espèces de ces familles qui infectent l’homme », déclare Buck. Mais dans le processus, il dit que l’équipe « a découvert une quantité énorme d’autres virus qui n’étaient pas des papillomavirus ou des polyomavirus ».
Ces données sont restées sans suite jusqu’à ce que Michael Tisza, étudiant diplômé, rejoigne ce laboratoire. Il a conçu un ensemble de programmes informatiques qui pouvaient trier les données d’ADN et identifier de nouvelles espèces de virus.

609 virus ne ressemblaient à aucun virus connu

« Nous avons fourni un moyen convivial de passer au crible ces tas de déchets », explique Buck. Les données d’ADN circulaires ont révélé 2514 nouveaux virus. Si plusieurs appartenaient à des familles de virus connues, 609 ne ressemblaient à aucun virus connu par la science.
Certains de ces nouveaux virus sont très inhabituels. L’un d’entre eux appartenait à un groupe appelé virus CRESS, mais il était bien plus gros que tous les virus CRESS connus. Il s’est avéré qu’il possédait trois copies d’un gène utilisé pour fabriquer une enveloppe extérieure qui encapsule la particule virale entière, appelée virion. « Il semble qu’en dupliquant ce gène plusieurs fois, ce virus a pu fabriquer un virion plus grand pour accueillir plus d’ADN », explique Buck.
Certains de ces nouveaux virus peuvent être dangereux. Par exemple, l’équipe a trouvé plus de 100 anellovirus dans le sang humain. Jusqu’à présent, aucun anellovirus n’a été associé à une maladie humaine, mais on peut penser que certains de ces nouveaux virus pourraient être dangereux.
En effet, tout virus pourrait être potentiellement dangereux, ou évoluer pour l’être. « La première étape pour savoir si un virus provoque une maladie est de découvrir que le virus existe », déclare Buck.

75 000 nouvelles espèces de virus

Tisza a maintenant développé une version plus avancée du logiciel, qui peut identifier d’autres types de virus qui n’ont pas d’ADN circulaire. Dans des travaux non publiés, il l’a appliqué à des ensembles de données d’autres groupes. « Il y a 20 pétaoctets de données », dit Buck. « Ces ensembles de données ont déjà produit 75 000 nouvelles espèces de virus », dont certaines sont « très exotiques », selon lui.
Cette recherche a été publiée dans eLIFE.
Source : New Scientist
Crédit photo : Pixabay

Plus de 2500 nouveaux virus dont certains sont inconnusmartinBiologie
Plus de 2500 nouveaux virus ont été découverts en analysant l'ADN récupéré sur des cellules humaines et animales. La méthode qui a été utilisée permet d'identifier d'innombrables autres virus. Des centaines de nouveaux virus inconnus Il existe des milliers d'espèces de virus, mais seulement 9000 environ ont été suffisamment bien caractérisées...