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La recherche sur le nouveau virus du marché des fruits de mer de Wuhan, qui a obligé le gouvernement chinois à mettre en quarantaine plus de 50 millions de personnes dans le cœur industriel de ce pays, sera facilitée par l’Institut de génomique de l’université de Santa Cruz. L’équipe du Genome Browser de l’Institut de génomique a mis en ligne le code biomoléculaire complet du virus pour que les chercheurs du monde entier puissent l’utiliser.

Le coronavirus a été entièrement séquencé

« Lorsque nous affichons des données sur les coronavirus dans l’UCSC Genome Browser Engineer Hiram Clawson, cela permet aux chercheurs d’examiner la structure du virus et, plus important encore, de travailler avec lui afin qu’ils puissent étudier comment ils peuvent l’attaquer », a déclaré Hiram Clawson, ingénieur du l’UCSC Genome Browser Engineer Hiram Clawson.
Des échantillons du virus ont été traités dans des laboratoires du monde entier, et les informations brutes sur son code génétique ont été envoyées au dépôt mondial d’informations génomiques du National Center for Bioinformatics (NCBI) des National Institutes of Health à Bethesda, dans le Maryland.
« Le NCBI est un dépôt mondial créé aux tout débuts de la génomique », a déclaré M. Clawson. « Lorsque les gens trouvent de nouveaux virus, ils les envoient au NCBI, qui leur attribue un nom et un numéro afin que chacun puisse se référer à un spécimen exact. Une fois qu’ils ont traité les informations génomiques, elles sont mises à la disposition du monde entier à partir de la base de données ».
De là, le Genome Browser de Santa Cruz traite les informations pour les transformer en un affichage visuel du virus. Le NCBI a nommé le virus de la pneumonie du marché des fruits de mer de Wuhan 2019-nCoV, qui signifie nouveau coronavirus découvert en 2019. L’UC Santa Cruz a récupéré l’information, composée de 29 903 nucléotides – les paires de bases qui composent les molécules d’ADN et d’ARN qui codent toute la vie sur Terre.
« Lorsque nous obtenons ces données du NCBI, il s’agit d’un fichier unique dont les lettres proviennent de l’ADN ou de l’ARN (A, C, G et T) », a déclaré M. Clawson. « Celui-ci se trouve être de l’ARN simple brin, une structure relativement simple. Ces informations sont traitées et placées dans une base de données, où le Genome Browser peut accéder au matériel et l’afficher dans un navigateur web dans un format beaucoup plus utile.

Le Genome Browser permet de voir où se trouve chaque élément

« Ce qui rend le Genome Browser si précieux, c’est qu’il est visuel », a déclaré M. Clawson. « Il permet de savoir très clairement où se trouve chaque élément, de sorte que lorsque les gens font des mesures sur le génome de ce virus, ils peuvent voir plus facilement ce qu’ils regardent », a déclaré M. Clawson.
Les chercheurs peuvent faire un zoom avant et arrière sur le génome. Cela leur permet de voir les paires de bases au niveau le plus détaillé. Ou bien, ils font un zoom arrière complet et voient les 10 gènes individuels qui composent les 29 903 paires de bases. Le Browser contient également une piste CRISPR, qui permet aux chercheurs de voir où ils peuvent épisser le matériel génétique et comment ils peuvent le découper. Avec l’outil CRISPR, les chercheurs peuvent modifier le matériel génétique, un outil extrêmement précieux pour déterminer le rôle des gènes.
« Dans le cas de ce virus », a déclaré M. Clawson, « il y a environ dix gènes et le plus grand est sa protéine de pointe », en référence à la colonne vertébrale chimique que le virus utilise pour s’accrocher aux cellules humaines et détourner leur machinerie cellulaire pour se reproduire. « Ils pourraient donc faire un changement pour voir si cela rend cette protéine plus ou moins virulente ».

Il permet l’annotation permettant de partager des informations

Le Browser permet également l’annotation, de sorte que les chercheurs du monde entier peuvent collaborer et partager des informations expérimentales. L’UCSC Genome Browser est l’un des outils les plus importants jamais créés par l’UC Santa Cruz. En établissant une interface et des protocoles standard pour l’examen des informations génétiques, il a permis de réaliser des avancées dans les laboratoires de bio-informatique et de génétique du monde entier.
Pour voir le génome du coronavirus, vous pouvez visiter cette page : Coronavirus Chine.
Source : University of California – Santa Cruz
Crédit photo : Pixabay

L'UCSC Genome Browser publie le génome du coronavirusmartinBiologie
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