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Manger des algues peut modifier génétiquement les bactéries de votre intestin, car elles peuvent acquérir des gènes de bactéries marines pour digérer des substances propres aux algues. On ne sait pas si cela affecte la santé des gens, mais le fait d’avoir des bactéries intestinales capables de digérer le carraghénane, un additif alimentaire courant dérivé des algues, peut être nocif.

Des bactéries acquièrent des gènes

« Nos microbes sont naturellement génétiquement modifiés », explique Eric Martens, de l’université du Michigan. Les algues contiennent des fibres alimentaires uniques – de grosses molécules de glucides – que ni nous ni les bactéries de notre intestin ne peuvent normalement digérer. Par exemple, les emballages de nori utilisés pour les sushis sont riches en porphyran.
En 2012 une équipe comprenant Mme Martens a découvert qu’une bactérie intestinale avait acquis les gènes nécessaires pour digérer le porphyran, probablement à partir d’une bactérie qui vit dans la mer.
Maintenant, une équipe dirigée par M. Martens a trouvé plusieurs autres exemples. Les chercheurs ont commencé par voir si les bactéries présentes dans les échantillons de fèces de quelques centaines de volontaires pouvaient se développer si on leur donnait uniquement des glucides propres à certaines algues. Ils ont ensuite séquencé les génomes de ces bactéries.

Deux souches de bactéries

L’équipe a trouvé deux souches de bactéries intestinales – les Bacteroides qui sont capables de digérer le carraghénane, que l’on trouve dans les algues rouges traditionnellement consommées dans certaines régions d’Europe et d’Asie. Elle est ajoutée à de nombreux aliments pour les épaissir, et on la trouve également dans certains lubrifiants sexuels.
L’innocuité du carraghénane a fait l’objet d’une controverse car il peut se décomposer en une substance appelée poligénane, qui est toxique. Les molécules de carraghénane devraient normalement passer dans l’intestin intactes, mais les personnes possédant des bactéries capables de digérer le carraghénane pourraient produire du poligénane dans leurs intestins.
« Nous ne savons pas si cela se produit en quantité suffisante », dit M. Martens. Même si le poligénane est produit, il pourrait rester en toute sécurité dans les bactéries. Cette question devrait être étudiée, dit-il.
Une réévaluation du carraghénane en 2018 a jugé les données de sécurité existantes insuffisantes, selon un porte-parole de l’Autorité européenne de sécurité des aliments, et l’agence a demandé davantage de données. « Comme le processus est en cours, c’est tout ce que nous pouvons dire sur cette question à ce stade ».
M. Martens a également trouvé plusieurs autres souches de bactéries intestinales Bacteroides qui peuvent digérer le porphyran. La plupart avaient le même ensemble de gènes pour les enzymes requises, ce qui montre que ce dernier a été transféré entre les bactéries intestinales depuis qu’il a été acquis auprès d’une bactérie marine. Cependant, une espèce avait un ensemble de gènes différent, ce qui montre qu’elle a acquis ses gènes digérant le porphyrane d’une autre bactérie marine à une autre occasion.

Les personnes en Chine et au Japon ont plus de ces bactéries

Diverses études de métagénomique, dans lesquelles tout l’ADN des intestins est séquencé, montrent que les personnes vivant au Japon et en Chine sont beaucoup plus susceptibles d’avoir ces bactéries intestinales qui digèrent les porphyranes que les personnes d’autres pays.
L’équipe a également découvert que des souches d’un type de bactérie fondamentalement différent, les Firmicutes, avaient acquis indépendamment des gènes pour digérer le porphyrane et une fibre alimentaire appelée agarose qui provient également des algues.
On sait que le transfert de gènes entre les bactéries est le résultat d’un processus appelé conjugaison. « Il s’agit essentiellement du sexe des bactéries », explique M. Martens. Cependant, M. Martens pense qu’il est très peu probable que cela se produise entre l’intestin et les bactéries marines. « Pour moi, il est hors de question que nous mangions des bactéries vivantes et qu’elles se conjuguent dans le tube digestif. » La manière dont ces transferts se sont produits reste donc un mystère.

Des découvertes importantes pour les probiotiques 

Il soupçonne qu’il y a beaucoup d’autres exemples de bactéries intestinales qui acquièrent des gènes lorsque les gens mangent de nouveaux aliments comme les graines de chia. « Il y a beaucoup d’aliments régionaux qui contiennent ces polysaccharides », explique M. Martens. « Je suis prêt à parier que nous ne faisons qu’effleurer la surface de ces découvertes ».
Ces découvertes pourraient s’avérer utiles. Les bactéries dites probiotiques ont tendance à mourir parce qu’elles ne peuvent pas concurrencer les bactéries établies depuis notre naissance. L’équipe de M. Martens a découvert que si des souris étaient nourries au porphyran après avoir avalé des bactéries capables de le digérer, ces bactéries avaient beaucoup plus de chances de s’établir dans l’intestin.
Cette recherche a été pré-publiée dans bioRxiv.
Source : New Scientist
Crédit photo : Pixabay

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