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Dans une étude pionnière des chercheurs de l’Université d’Osaka City et de l’Institut des sciences médicales de l’Université de Tokyo ont rapporté des informations sur le métagénome bactérien et viral intestinal provenant d’échantillons fécaux de 101 individus japonais en bonne santé.

Des enzyme dérivées des phages

Cette analyse, s’appuyant sur les associations bactéries-hôtes-phages, a permis de détecter des enzymes antibactériennes dérivées des phages qui contrôlent les pathobiontes (bactéries pathogènes). Comme preuve de concept, les endolysines dérivées des phages se sont avérées réguler l’infection au C. difficile chez la souris.
Les anomalies de la microflore intestinale humaine, connues sous le nom de dysbiose, sont liées à diverses maladies. L’altération de la diversité microbienne compromet les effets bénéfiques de la microflore intestinale de l’hôte, ce qui fait que certaines bactéries symbiotiques acquièrent des traits de la virulence, prolifèrent et deviennent directement impliquées dans le développement de plusieurs maladies. Ces bactéries sont appelées « pathobiontes », se distinguent des agents pathogènes opportunistes.
La C. difficile, qui est une bactérie anaérobie Gram-positive sporulée, est un pathobionte et la cause de la diarrhée nosocomiale après un traitement antibiotique. Étant donné que l’utilisation d’antibiotiques risque de tuer les bactéries bénéfiques et de favoriser la dysbiose, il est essentiel de mettre au point des méthodes permettant de manipuler spécifiquement les pathobiontes intestinaux.

Les phages pour éliminer des pathobiontes intestinaux

« Les phages étaient certainement applicables comme une thérapie hautement spécifique pour l’élimination des pathobiontes intestinaux », a estimé le professeur Satoshi Uematsu. Les associations infectieuses entre les phages et les bactéries dans l’intestin humain sont des informations essentielles pour le développement des thérapies par les phages.
Connue sous le nom de « matière noire virale », car elle n’était pas encore comprise, les chercheurs ont obtenu des informations sur les associations bactérie-phages à partir d’échantillons de selles de 101 personnes en bonne santé grâce à la mise au point d’un système d’analyse des viromes (l’ensemble des génomes d’une population viral). Sur la base de ces informations, les chercheurs ont examiné les phages spécifiques de la C. difficile et ont identifié de nouvelles enzymes antibactériennes, à la fois in vitro et in vivo.
« L’accumulation de plus d’informations métagénomiques sur les phages et les bactéries intestinales ouvrira la possibilité de développer des traitements pour une variété de maladies liées à la dysbiose », déclarent le Dr Kosuke Fujimoto et le professeur Seiya Imoto.
Cette recherche a été publiée dans Cell Host & Microbe.
Source : Osaka City University
Crédit photo : Pexels