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Les microbes qui entourent et infiltrent les tumeurs cancéreuses peuvent aider à prédire l’évolution de la maladie d’une personne et les médicaments auxquels elle est le plus susceptible de répondre. Une meilleure compréhension de ce « microbiome tumoral » pourrait également conduire à de nouveaux traitements contre le cancer.

Le microbiome des tumeurs cancéreuses

Les tumeurs cancéreuses sont mélangées à des bactéries et à des virus. On les trouve à l’intérieur de ces cellules, entre elles et dans l’espace qui les entoure. Jusqu’à il y a quelques années, les chercheurs pensaient que ces microbes se retrouvaient dans les tumeurs à la suite de la manipulation de cellules en laboratoire et qu’ils n’étaient qu’un signe que les échantillons avaient été contaminés, explique Eytan Ruppin, de l’Institut national américain du cancer, dans le Maryland.
Plus récemment, les chercheurs ont appris que ces microbes, dont on dit qu’ils forment le microbiome d’une tumeur, peuvent jouer un rôle dans la formation, le développement et la propagation d’un cancer. La recherche sur les bactéries intestinales a montré, par exemple, que les microbes semblent interagir avec le système immunitaire d’une personne et peuvent influencer le fonctionnement du métabolisme. Ces microbes pourraient-ils influencer le cancer de la même manière ?
Au début de cette année, Rob Knight de l’université de Californie à San Diego et ses collègues ont évalué la présence de microbes dans environ 18 000 échantillons de tumeurs, prélevés sur plus de 10 000 personnes atteintes de 33 types de cancer différents. L’équipe a découvert que la présence de certains types de microbes était associée à des types de cancer spécifiques. En se basant uniquement sur la présence de bactéries, les chercheurs ont pu prédire le type de cancer dont souffrait une personne.
M. Ruppin s’est demandé si la présence de microbes pouvait également prédire la façon dont les personnes atteintes d’un cancer réagissent aux traitements et la probabilité qu’elles survivent à cette maladie. Pour le savoir, lui et ses collègues se sont tournés vers certaines des données utilisées par l’équipe de M. Knight.

Un algorithme pour prédire les chances de survie

Les chercheurs ont mis au point un modèle alimenté par des données sur le type de cancer des participants, ainsi que sur la durée de la période avant que le cancer n’évolue et le nombre d’années vécues après le diagnostic. En formant leur algorithme sur ces données, ils ont pu utiliser la présence de bactéries pour prédire la survie. Bien que la prédiction n’ait été correcte qu’environ 60 à 70 % du temps, les résultats étaient plus précis que les estimations cliniques basées sur le sexe, l’âge et le stade de la tumeur d’une personne, explique M. Ruppin.
Ils ont également examiné si la présence de certains microbes pouvait influencer la façon dont les tumeurs répondent à un traitement médicamenteux. Les chercheurs ont notamment évalué l’impact de 30 médicaments sur la taille des tumeurs et la durée de survie des personnes après le début du traitement. Pour cinq de ces médicaments, l’algorithme a permis de prédire la réponse de la tumeur au traitement médicamenteux.
Ce test n’est pas encore assez précis pour être utilisé cliniquement, mais M. Ruppin espère que ces analyses des microbiomes des tumeurs pourraient améliorer la précision des « biopsies liquides » –  des tests actuellement mis au point pour diagnostiquer le cancer à partir de fragments de cellules tumorales ou d’ADN dans le sang.

Traiter les cancers avec des antibiotiques

À mesure que nous en apprenons davantage sur le rôle des microbes dans la progression du cancer, nous pourrions être en mesure de développer de nouveaux traitements contre le cancer qui ciblent spécifiquement le microbiome des tumeurs, déclare M. Ruppin. « Si, plus tard, nous apprenons que des bactéries spécifiques jouent un rôle dans la progression du cancer, nous pourrions le traiter avec des antibiotiques », dit-il.
En attendant, les chercheurs doivent d’abord comprendre exactement ce que font ces microbes, ainsi que la manière dont ils affectent la croissance des tumeurs et leur réponse aux traitements médicamenteux. « Nous devons encore le découvrir », déclare M. Ruppin.
Cette recherche a été pré-publiée dans bioRxiv.
Source : New Scientist
Crédit photo : RawPixel