mieux-évaluer-le-rique-une-maladie-coronarienne
Un groupe international dirigé par des chercheurs du RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, a utilisé une combinaison d’analyse d’association pangénomique – ou GWAS – et une comparaison trans-ascendante de différentes études GWAS, afin d’obtenir un prédicteur, plus précis des maladies coronariennes basé sur des facteurs génétiques.

Une analyse d’association pangénomique

On sait que les maladies coronariennes, sont les premières causes de décès dans le monde, sont souvent héréditaires et, dans certains cas sont causées par le gène PCSK9.  Dans la présente étude, l’équipe a accompli deux tâches importantes. Tout d’abord, elle a examiné la génétique de cette maladie dans une population japonaise, en comparant les séquences du génome de 25 892 patients atteints de maladies coronariennes dans la Biobanque du Japon et de 142 336 témoins, ce qui constitue le plus grand projet GWAS sur les maladies coronariennes dans une population non européenne.
En utilisant un panel de référence, qu’ils ont mis au point pour estimer les génotypes de ces individus, ils ont identifié 48 loci génétiques associés à une susceptibilité à la maladie coronarienne, dont huit étaient auparavant inconnus. Ils ont notamment trouvé une variante génétique dans le gène RNF213, dont on sait qu’il est associé à une maladie cérébrovasculaire, appelée maladie de moyamoya, qui n’avait jamais été identifiée dans les études GWAS avec des cohortes européennes.
Grâce à ces résultats, ils ont pu constituer un panel de référence pour la population japonaise, qui pourrait être utilisé pour évaluer le risque des variantes même trouvées dans un très faible pourcentage de la population. « Nous avons trouvé une variante dans le gène LDLR », déclare Kaoru Ito, l’un des auteurs de cette étude, « qui n’est pas très courante, mais qui a un effet important sur le métabolisme du cholestérol, et les Japonais porteurs de cette mutation multiplient par cinq la probabilité de développer une maladie coronarienne ».

35 nouveaux loci associés à ces maladies

L’étape suivante du groupe a consisté à combiner les résultats des 170 000 sujets japonais, avec deux autres ensembles de données, provenant de populations européennes – environ 180 000 de l’étude CARDIoGRAMplusC4D et 300 000 de la Biobank britannique – pour créer l’une des plus grandes GWAS transethniques au monde, dans le domaine des maladies des artères coronaires, avec un total de plus de 600 000 individus. Ce faisant, ils ont identifié 35 nouveaux loci associés à ces maladies, et l’un d’entre eux se trouvait dans le gène HMGCR, qui est la cible des médicaments à base de statines.
Un résultat très positif de cette étude a été que le groupe a pu utiliser les GWAS combinés pour créer un score de risque génétique, qui a surpassé les résultats des GSC élaborés soit Selon Ito, « C’est passionnant, car cela signifie que même lorsqu’il y a différentes fréquences de variantes dans différentes populations, nous pouvons combiner des études GWAS de différentes ascendances, et les utiliser pour créer un score de risque qui est plus précis que n’importe lequel des individus.

La médecine de précision

En outre, cela signifie que l’intégration des données existantes est un bon moyen de développer des GRS, dans des populations non européennes. Nous espérons que notre étude contribuera à l’élaboration de SGR optimisées pour les Japonais, qui pourraient être utilisées efficacement dans l’avenir de la médecine de précision basée sur l’information génétique ».
Cette recherche a été publiée dans Nature Genetics.
Source : RIKEN
Crédit photo : StockPhotoSecrets