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Des chercheurs ont utilisé la technologie d’édition de gènes CRISPR, pour mettre au point un test qui détecte le coronavirus en seulement 5 minutes. Le diagnostic ne nécessite pas d’équipement de laboratoire coûteux pour fonctionner, et pourrait être déployé dans les cabinets médicaux, les écoles et les immeubles de bureaux. « Il semble qu’ils disposent d’un test vraiment efficace », explique Max Wilson, biologiste moléculaire à l’université de Californie (UC), à Santa Barbara. « C’est vraiment très intéressant ».

Un test rapide et efficace

Ces tests fonctionnent en identifiant une séquence d’ARN – environ 20 bases d’ARN de longue durée – qui est unique au SARS-CoV-2. Ils le font en créant un ARN « guide » qui est complémentaire de la séquence d’ARN cible et qui, par conséquent, se liera à elle en solution. Lorsque le guide se lie à sa cible, l’enzyme Cas13 de l’outil CRISPR s’active et coupe tout ARN monocaténaire proche. Ces coupures libèrent une particule fluorescente introduite séparément dans la solution de test. Lorsque l’échantillon est ensuite frappé par une rafale de lumière laser, ces particules fluorescentes libérées s’illuminent, signalant la présence du virus.
Cependant, ces premiers tests CRISPR exigeaient des chercheurs qu’ils amplifient d’abord tout l’ARN viral potentiel, avant de le faire passer dans le diagnostic afin d’augmenter leurs chances de repérer un signal. Cela augmentait la complexité, le coût et le temps, et mettait à rude épreuve les rares réactifs chimiques. Maintenant, les chercheurs dirigés par Jennifer Doudna, rapportent avoir créé un nouveau test CRISPR qui n’amplifie pas l’ARN du coronavirus. Au lieu de cela, Doudna et ses collègues ont passé des mois à tester des centaines d’ARN guides, pour trouver plusieurs guides qui fonctionnent en tandem pour augmenter la sensibilité du test.

Il est précis

Dans une nouvelle pré-publication, les chercheurs rapportent qu’avec un seul ARN guide, ils pourraient détecter aussi peu que 100 000 virus par microlitre de solution. Et s’ils ajoutent un deuxième ARN guide, ils peuvent détecter aussi peu que 100 virus par microlitre. Ce n’est toujours pas aussi précis que le système de diagnostic conventionnel des coronavirus, qui utilise des machines de laboratoire coûteuses pour traquer le virus, explique Melanie Ott, virologue à l’université de San Francisco qui a aidé à diriger ce projet avec Doudna. Cependant, dit-elle, ce nouveau dispositif a permis d’identifier avec précision un lot de cinq échantillons positifs en seulement 5 minutes par test, alors que le test standard peut prendre un jour ou plus pour donner des résultats.
Ce nouveau test présente un autre avantage, selon M. Wilson : il permet de quantifier la quantité de virus présente dans un échantillon. Lorsque les tests standard de coronavirus amplifient le matériel génétique du virus afin de le détecter, cela modifie la quantité de matériel génétique présent – et supprime donc toute chance de quantifier précisément la quantité de virus dans l’échantillon.

Ils veulent le commercialiser

En revanche, l’équipe d’Ott et de Doudna a constaté que l’intensité du signal fluorescent était proportionnelle à la quantité de virus dans leur échantillon. Cela a révélé non seulement, si un échantillon était positif, mais aussi la quantité de virus présente chez un patient. Ces informations peuvent aider les médecins à adapter leurs décisions de traitement selon l’état de chaque patient, explique M. Wilson. Doudna et Ott affirment qu’avec leurs collègues, ils travaillent actuellement à la validation de leur dispositif de test et étudient les moyens de le commercialiser.
Source : Science
Crédit photo : PXhere