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Une étude montre comment le séquençage génétique de la prochaine génération, peut permettre de suivre les mutations du virus du SARS-CoV-2, ce qui peut en fait contribuer au traçage de la transmission, à la précision des tests de diagnostic et à l’efficacité d’un futur vaccin.

Suivre les mutations du SARS-CoV-2

« Une fois que vous avez la séquence génétique du virus, avec le séquençage de la prochaine génération (NGS), vous pouvez commencer à poser plus de questions », a déclaré Dirk Dittmer, professeur de microbiologie et d’immunologie et auteur principal de cette étude. « Où avons-nous déjà vu cette séquence exacte ? Venait-elle d’un autre État ou d’un autre pays ? Quand ce patient a-t-il voyagé là-bas et qui d’autre pourrait l’avoir ? »
Selon M. Dittmer, ce type de surveillance des virus est également important pour les tests de diagnostic. Une grande partie des tests mis au point pour diagnostiquer le COVID-19, recherchent une partie de la séquence des gènes qui est à l’origine du nouveau coronavirus. Si cette séquence mute, le test n’est plus précis et les résultats en seront affectés. Dittmer dit que dans le cadre de leur étude, son équipe a bien trouvé des variations dans la séquence génétique du virus, mais heureusement aucune de ces variations n’a été localisée dans la partie du virus, visée par les tests de diagnostic courants.
« Nous sommes cependant préoccupés par les futures mutations », a déclaré M. Dittmer. « Il est inhérent à la nature d’un virus de muter. Les changements dans d’autres domaines de la séquence génétique, peuvent non seulement perturber les tests, mais aussi entraver l’efficacité des vaccins ».

Tenir à jour les protocoles d’essai

C’est pourquoi le laboratoire de M. Dittmer collabore avec de nombreux autres laboratoires de l’UNC-Chapel Hill, afin de se tenir au courant des changements éventuels à apporter aux protocoles d’essai, et au développement éventuel de vaccins. Le laboratoire de M. Dittmer reçoit des échantillons positifs pour le SARS-CoV-2 du laboratoire de Melissa Miller, directrice des laboratoires de microbiologie et de microbiologie moléculaire du centre médical de l’UNC, où le test de diagnostic du COVID-19 de l’UNC a été développé et mis en place le 16 mars.
« Parce que nous n’examinons qu’une seule séquence des gènes pour ce virus, nous avons dit à la FDA que nous surveillerons en permanence les changements de cette séquence des gènes, afin de nous assurer que notre test est toujours fiable », a déclaré Mme Miller, coauteur de cette étude.
Cette étude est la plus importante à se concentrer sur les communautés suburbaines et rurales. Les chercheurs ont pu reconstituer le paysage mutationnel des cas vus au centre médical de l’UNC à Chapel Hill, un centre de soins cliniques tertiaires. Du 30 mars au 8 mai, 175 échantillons de patients dont la séropositivité au COVID-19 a été confirmée, ont été analysés.
Parmi ces échantillons testés, 57% étaient porteurs du variant D614G, observé dans des études similaires. La présence de ce variant est associée à un nombre de copies du génome plus élevé, et sa prévalence s’est accrue tout au long de cette pandémie. Les variations génétiques trouvées dans ces échantillons confirment également l’hypothèse selon laquelle la majorité des cas en Caroline du Nord, proviennent de personnes voyageant aux États-Unis plutôt qu’à l’étranger.

Former un profil complet

De futurs échantillons seront séquencés et compilés, pour former un profil complet de tous les virus dont ces patients sont porteurs, des informations qui continueront à aider une communauté de chercheurs dans leur lutte contre le SARS-CoV-2 et les coronavirus potentiellement nouveaux.
Cette recherche a été publiée dans Cell Reports.
Source : UNC School of Medicine
Crédit photo : StockPhotoSecrets