évolution-du-SARS-CoV-2-chez-un-seul-patient
Le monde entier observe l’évolution du SARS-CoV-2 au fur et à mesure de ses déplacements, les nouvelles variantes devenant des facteurs importants dans le cheminement de cette pandémie. Mais comment le virus évolue-t-il au cours d’une seule infection ? Une équipe de scientifiques a cherché à répondre à cette question en analysant les génomes du virus au cours de l’infection chez un patient immunodéprimé.

Le plasma de convalescent et la variante du virus

Les données de cette étude suggèrent que le traitement avec du plasma de convalescent a coïncidé avec l’apparition des différentes variantes du SARS-CoV-2 chez cet individu immunodéprimé. Après le traitement par le plasma, la variante dominante comprenait une délétion présente dans la variante B.1.1.7 du SARS-CoV-2 découvert au Royaume-Uni. Ces résultats soulèvent la possibilité que l’évolution du SARS-CoV-2 puisse se produire chez les personnes immunodéprimées lorsque la réplication virale prolongée peut avoir lieu.
Ravindra Gupta, du Cambridge Institute of Therapeutic Immunology & Infectious Disease (CITIID) à Cambridge, au Royaume-Uni, et de l’Africa Health Research Institute à Durban, en Afrique du Sud, et ses collègues documentent une étude de cas impliquant un patient immunodéprimé de sexe masculin, âgé de 70 ans, atteint du SARS-CoV-2, qui avait auparavant reçu une chimiothérapie pour un lymphome.
Cet individu a été admis à l’hôpital au cours de l’été 2020 et a été traité sans succès avec des antibiotiques, des stéroïdes, des traitements avec le remdesivir et du plasma de convalescent pendant 101 jours. Pendant ce traitement, les auteurs ont prélevé des échantillons du virus à 23 reprises. La variante infectante du SARS-CoV-2 a été attribuée à la lignée 20B, qui porte la mutation qui conduit à la substitution de D614G dans la protéine du pique (une mutation qui a été signalée pour la première fois en Chine).

Un changement dans la population virale a été observé

Les auteurs ont noté que peu de changements ont été observés dans la structure globale du virus après deux traitements de remdesivir au cours des 57 premiers jours. Cependant, ils ont constaté qu’entre les jours 66 et 82, après l’administration des deux premières séries de plasma de convalescent, un changement dans la population virale a été observé.
Ils ont observé des changements importants et dynamiques de la population virale, avec l’émergence d’une variante dominante de la souche virale avec deux altérations de la protéine du pique – une délétion à la position 69/70 (ΔH69/ΔV70) qui est présente dans la variante britannique B.1.1.7, et la mutation qui conduit à la substitution D796H.
In vitro, ont expliqué les auteurs, ce double mutant d’échappement du pique portant ΔH69/ΔV70 et D796H a conféré une sensibilité légèrement réduite au plasma de convalescent, tout en maintenant une infectivité similaire à celle du type sauvage. Le D796H semble être le principal facteur de la diminution de la sensibilité mais présente un défaut d’infectiosité. De plus, le mutant unique ΔH69/ΔV70 avait une infectivité deux fois plus élevée que le type sauvage, ce qui pourrait compenser la réduction de l’infectivité du D796H.
Cette population est réapparue après une troisième cure de remdesivir (jour 93) et de plasma (jour 95). Les auteurs ont noté que, « à mesure que les anticorps sériques transférés passivement diminuaient, les virus avec le génotype d’échappement diminuaient en fréquence, avant de revenir au cours d’un dernier traitement sans succès de plasma de convalescent ».
Les auteurs ont suggéré que l’augmentation répétée de la fréquence de cette population virale après la thérapie plasmatique pourrait signifier que les mutations ont conféré un avantage sélectif. Cependant, ils ont conclu que l’émergence de cette variante n’était pas la raison principale de l’échec du traitement.

La prudence dans l’utilisation de plasma de convalescent

Les auteurs ont noté qu’il s’agit d’une étude de cas unique et que l’on ne peut donc tirer que des conclusions limitées quant à la généralisabilité de ces résultats. Toutefois, ces résultats pourraient justifier la prudence dans l’utilisation de plasma de convalescent, pour traiter les infections par le SARS-CoV-2 chez les patients immunodéprimés.
Cette recherche a été publiée dans Nature.
Source : Gen News
Crédit photo : Rawpixel