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Deux variantes du coronavirus, d’abord identifiées au Royaume-Uni et en Californie, semblent s’être combinées en un hybride fortement muté. Cela pourrait signaler une nouvelle phase de cette pandémie de COVID-19, car d’autres variantes hybrides pourraient émerger.

Deux variantes du COVID-19

Qu’est-ce qui a été découvert exactement ?
Jusqu’à présent, une seule séquence du génome du SARS-CoV-2 déposée dans une base de données de milliers de personnes aux États-Unis. Cette séquence présente des signes révélateurs d’un virus hybride créé par une recombinaison entre deux lignées différentes de SARS-CoV-2.
Qu’est-ce qu’un événement de recombinaison ?
Les coronavirus tels que le SARS-CoV-2 ont un super pouvoir d’évolution appelé « recombinaison » qui permet à deux virus étroitement liés de se mélanger et de faire correspondre leurs génomes dans de nouvelles combinaisons. Contrairement à la mutation ordinaire, qui se produit lentement, une modification à la fois, cette recombinaison peut produire des modifications importantes du génome d’un coronavirus en une seule fois.
L’hybride a-t-il été détecté parmi des virus réels circulant chez l’homme ?
Non, bien que la séquence provienne d’un virus prélevé sur une personne infectée, il est donc plausible que le virus recombinant se trouve dans la communauté. Cependant, il pourrait déjà avoir disparu après avoir échoué à se transmettre à d’autres personnes. Les États-Unis ont des taux relativement faibles de séquençage viral, il est donc difficile de dire si c’est le cas ou non.
Il y a une autre possibilité : l’événement de recombinaison peut s’être produit dans l’échantillon après qu’il ait été prélevé sur la personne infectée, et non pendant qu’il était dans son corps. Dans ce cas, il s’agit d’un artefact de laboratoire accidentel, et non d’un virus sauvage.
Pourrait-il s’échapper du laboratoire ?
Ce serait très peu probable. L’échantillon lui-même, et donc le virus, a presque certainement été détruit, conformément aux procédures de sécurité habituelles. Si c’est le cas, il ne reste plus qu’une séquence de lettres dans une base de données.
Sait-on où et quand l’échantillon a été prélevé ?
Non, mais le sud de la Californie au cours du dernier mois environ est une bonne estimation. Il a été découvert au cours d’une recherche sur une récente recrudescence de cas de COVID-19 à Los Angeles, apparemment causée par une nouvelle variante du SARS-CoV-2 appelée B.1.429.

Comment ont-elles été découverte ?

Comment New Scientist l’a-t-il découvert ?
Il a été signalé le 2 février lors d’une conférence scientifique virtuelle organisée par l’Académie des sciences de New York. Dans une présentation sur l’épidémie à Los Angeles, Bette Korber du Laboratoire national de Los Alamos au Nouveau Mexique a déclaré « Nous avons trouvé au moins un seul recombinant. » Elle a ensuite ajouté des détails supplémentaires. Par exemple, elle a montré une représentation graphique du génome viral montrant clairement qu’il s’agit d’une mosaïque de séquences provenant de deux lignées différentes, ce qui est difficile à expliquer autrement que par la recombinaison. Cette découverte n’a pas encore été publiée dans une revue scientifique ou postée sur un serveur de préimpression et Korber a refusé de commenter davantage.
Savons-nous quelles lignées se sont recombinées ?
Oui, l’hybride est un mélange de la variante B.1.1.7 détectée pour la première fois dans le Kent, au Royaume-Uni, à la fin de l’année dernière, et de la moins connue B.1.429, qui semble être originaire du sud de la Californie. Ces deux variantes sont connues pour circuler dans la région de Los Angeles.
Ces deux variantes portent des mutations sur leurs protéines de pointe qui semblent leur conférer un avantage. La B.1.1.7 en a une appelée Δ69/70, qui rend le virus plus transmissible. La B.1.429 en a une autre, appelée L452R, qui peut conférer une résistance aux anticorps. Ce qui est peut-être inquiétant, c’est que le virus hybride est porteur de ces deux variantes.
À quel point devrions-nous nous inquiéter ?
Pour l’instant, ce n’est pas très inquiétant. Il n’y a pas de preuve que ce recombinant se transmette d’une personne à l’autre, bien que Korber ait déclaré que cela ne pouvait pas être exclu et qu’il faudrait surveiller sa progression » – ce qui signifie que ce recombinant pourrait apparaître dans la population et ensuite augmenter en fréquence, ce qui suggère qu’il est en train de surpasser les virus existants.
Mais pour l’avenir, nous devons ajouter ce genre d’événement à notre liste de préoccupations. À mesure que des variantes génétiquement distinctes du SARS-CoV-2 apparaissent et commencent à circuler dans les mêmes zones géographiques, les risques de recombinaison malveillante augmentent. Ce recombinant particulier peut ne mener nulle part, mais il peut annoncer une nouvelle phase de cette pandémie avec l’apparition de recombinants un peu partout.
Est-ce une surprise ?
Pas vraiment. Même avant l’apparition du SARS-CoV-2, la recombinaison était reconnue comme un agent important de l’évolution des coronavirus. Il est possible que la recombinaison ait conduit à l’apparition du SARS-CoV-2.
Les virologistes ont mis en garde contre la recombinaison dès le début de cette pandémie, et sont à l’affût depuis lors. Deux analyses publiées en décembre et janvier ont indépendamment indiqué qu’elle n’avait pas encore été détectée, bien que cela puisse être dû au fait que jusqu’alors, tous les virus en circulation étaient si génétiquement similaires et qu’il était impossible d’isoler les événements de recombinaison en cours d’une mutation normale.
Cependant, des variantes récemment apparues, notamment la B.1.1.7 et la B.1.429, peuvent être génétiquement assez distinctes pour que la recombinaison laisse une trace détectable dans le génome.

Comment ce processus se passe-t-il ?

Comment deux virus différents peuvent-ils se rencontrer pour se recombiner ?
En un mot, la co-infection. Dans des endroits comme la Californie où deux variantes distinctes sont en circulation, des personnes peuvent être infectées par les deux en même temps. Si des cellules hôtes individuelles finissent par héberger les deux variantes, la scène est prête pour la recombinaison.
Comment la recombinaison se produit-elle exactement ?
Elle se produit parce que l’enzyme du coronavirus qui réplique son génome a tendance à glisser du brin d’ARN qu’il copie et à le rejoindre là où il s’est arrêté. Si une cellule hôte contient deux génomes de coronavirus différents, l’enzyme peut sauter de façon répétée de l’un à l’autre, assemblant ainsi un génome en mosaïque. Ce phénomène est plus probable lorsque les deux virus sont étroitement liés, mais a été documenté entre des coronavirus assez éloignés les uns des autres. Il n’est donc pas impossible que le SARS-CoV-2 puisse se recombiner avec un coronavirus commun avec des conséquences inconnues. Cela n’a pas encore été vu.
Le virus de la grippe se recombine également pour créer de nouvelles souches virales potentiellement mortelles. S’agit-il du même processus ?
Pas exactement. Le génome de la grippe est porté par huit morceaux d’ARN distincts, au lieu d’un seul dans les coronavirus. Si un humain ou un animal est co-infecté par deux souches de la grippe différentes, les morceaux d’ARN peuvent être réarrangés en de nouvelles combinaisons qui peuvent devenir une nouvelle souche pandémique.
Source : New Scientist
Crédit photo : Pexels