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Une nouvelle souche du coronavirus, identifiée pour la première fois et se propageant maintenant en Californie, semble être un peu plus transmissible et augmenter le risque d’admission des patients à l’unité de soins intensifs (USI) et de décès, selon une étude de laboratoire et des données épidémiologiques.

Une nouvelle variante

Cette variante est également présente dans d’autres États, mais sa prévalence parmi plus de 2000 échantillons prélevés en Californie est passée de 0% à plus de 50% entre septembre 2020 et fin janvier, selon des chercheurs de l’Université de Californie, San Francisco (UCSF). « Cette variante est préoccupante car nos données montrent qu’elle est plus contagieuse, plus susceptible d’être associée à une maladie grave et au moins partiellement résistante aux anticorps neutralisants », déclare l’auteur principal Charles Chiu, médecin spécialiste des maladies infectieuses et expert en séquençage à l’UCSF.
Les données suggèrent que cette nouvelle souche « devrait probablement être désignée comme une variante préoccupante justifiant une recherche de suivi urgente », écrivent les auteurs dans leur prépublication, qui n’a pas fait l’objet d’un examen par les pairs et qui, selon eux, devrait être mise en ligne prochainement.
Ces résultats « justifient un examen beaucoup plus approfondi pour cette variante », déclare Angela Rasmussen, virologue au Centre pour la science et la sécurité de la santé mondiale de l’université de Georgetown, qui n’a pas participé à cette recherche. Elles « soulignent l’importance de mettre tout en œuvre pour réduire l’exposition et augmenter la distribution et l’accès au vaccin ».
Mais d’autres experts en coronavirus affirment qu’il faut davantage de données avant de tirer des conclusions, notant que parmi les patients atteints de cette variante, cette étude a porté sur moins de 10 personnes admises aux soins intensifs et moins de 10 personnes décédées. « Si j’étais examinateur, je voudrais voir plus de données provenant d’un plus grand nombre de personnes infectées pour justifier cette affirmation », déclare David O’Connor, un expert en séquençage viral de l’université du Wisconsin, à Madison, qui n’a pas participé à cette recherche.

Ils ont séquencé 2172 génomes

Pour leur étude, les auteurs ont séquencé 2172 génomes à partir d’échantillons de virus prélevés sur des patients dans 44 comtés de Californie entre le 1er septembre 2020 et le 29 janvier. Cette nouvelle variante, qui se présente sous deux formes marquées B.1.427 et B.1.429 qui portent des mutations légèrement différentes, représentait 21,3 % de l’ensemble de ces séquences. (Selon un schéma de dénomination différent, la variante est parfois appelée 20C/L452R).
Les scientifiques ont également étudié les dossiers médicaux de 324 personnes atteintes du COVID-19 qui ont été soignées dans les cliniques de l’UCSF ou dans son centre médical. Les chercheurs ont ajusté les données pour tenir compte des différences d’âge, de sexe et d’origine ethnique, et ont constaté que, par rapport aux patients qui avaient d’autres souches virales, ceux qui étaient porteurs de cette variante avaient 4,8 fois plus de chances d’être admis aux soins intensifs et plus de 11 fois plus de chances de mourir.
D’autres données suggèrent que cette variante est plus contagieuse. Les scientifiques ont découvert que les personnes infectées par cette variante hébergeaient environ deux fois plus de virus dans leur nez, un indice d’excrétion virale, qui peut les rendre plus infectieuses pour les autres. En laboratoire, les virus conçus pour porter une mutation-clé trouvée dans cette variante étaient plus efficaces que les virus de contrôle pour infecter les cellules humaines et les structures pulmonaires appelées organoïdes.
Les biologistes évolutionnistes mettent également en garde contre une interprétation excessive de cette étude. « Ce travail mérite certainement d’être rapporté, mais je ne crois pas que cela suffise à lui seul pour les classer dans la catégorie des variantes préoccupantes », déclare M. Hanage. Il note que B.1.427 et B.1.429 sont probablement apparus en juillet et juin 2020, respectivement, mais que les infections n’ont pas explosé dans les courbes exponentielles observées avec les trois variantes identifiées comme préoccupantes. « La véritable preuve sera de voir si, lorsqu’elles seront introduites ailleurs, ces lignées commenceront à décoller de manière similaire ».

Le manque d’effort des États-Unis pour séquencer les échantillons de coronavirus

Le document propose également une autre mise en garde concernant les efforts insuffisants des États-Unis pour séquencer les échantillons de coronavirus à l’échelle nationale. Il est « inquiétant » qu’un État comme le Nevada, qui borde la Californie, ait moins de 500 séquences dans le GISAID, le principal dépôt de séquences de coronavirus, déclare O’Connor. Les données limitées du Nevada suggèrent actuellement que cette variante représente 27% des séquences collectées, selon une base de données créée par Scripps Research à partir des données du GISAID.
Source : Science
Crédit photo : Pixabay