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Des virus recombinants formés par la fusion de deux variantes différentes du SARS-CoV-2 se propagent maintenant d’une personne à l’autre, augmentant potentiellement le risque d’apparition de nouvelles variantes dangereuses de coronavirus.

Des recombinants se propagent

Le mois dernier, le magazine New Scientist a fait état de la première détection de ce type de recombinaison, mais on ignorait alors s’il circulait dans la nature. Deux nouvelles analyses mettent fin à ce doute. « Les recombinants circulent », affirme Dave VanInsberghe de l’université Emory à Atlanta, en Géorgie.
La recombinaison est une source puissante de changement évolutif chez les coronavirus. On craint qu’elle ne réunisse des mutations récentes en de nouvelles combinaisons plus dangereuses, bien que rien ne prouve encore que cela se produise.
Dans une analyse, M. VanInsberghe et ses collègues ont estimé qu’un variant du SARS-CoV-2 sur vingt circulant au Royaume-Uni et aux États-Unis est maintenant un recombinant. L’équipe a analysé plus d’un demi-million de séquences du génome du SARS-CoV-2 provenant du monde entier et a trouvé plus de 1000 recombinants possibles. La plupart restent très rares mais deux circulent largement, l’un aux États-Unis, au Royaume-Uni, à Singapour, au Japon et au Canada et l’autre aux États-Unis, au Royaume-Uni, au Canada et au Danemark.
Aucun de ces deux recombinants n’est porteur de mutations qui ont été signalées comme étant « préoccupantes », telles que celles observées dans les variantes identifiées pour la première fois au Royaume-Uni, au Brésil et en Afrique du Sud. « Nous n’avons aucune raison de croire que ces recombinants ont modifié leur transmissibilité ou leur virulence », déclare M. VanInsberghe. Malgré cela, dit-il, « il s’agit des premiers cas de transmission généralisée de recombinants ».
Certains des autres recombinants, plus rares, sont porteurs de ces mutations préoccupantes. « Le vrai souci avec la recombinaison est que vous recombinez deux lignées qui ont une transmissibilité ou une virulence plus élevée, et cela pourrait être vraiment dangereux », dit VanInsberghe.

Une est devenue plus nombreuse et répandue 

Depuis que l’analyse a été effectuée, la recombinaison la plus courante est devenue encore plus nombreuse et répandue aux États-Unis, ce qui pourrait être le signe d’une plus grande transmissibilité, dit-il. Cette recherche n’a pas encore été examinée par des pairs.
Une analyse distincte réalisée par l’Institut de recherche de l’armée Walter Reed, dans le Maryland, a examiné 100 000 génomes collectés dans le monde entier jusqu’à la fin octobre 2020, lorsque moins de variantes circulaient, et a identifié huit recombinants probables.
La recherche est également publiée en tant que prépublication et l’institut a pour politique de ne pas commenter les recherches qui n’ont pas encore été examinées par des pairs, mais le document indique que la circulation des recombinants du SARS-CoV-2 pourrait avoir « des implications majeures, en particulier si un recombinant en circulation permet d’échapper à l’immunité naturelle et induite par la vaccination. »
Il existe des précédents, soulignent les chercheurs. Il a été démontré que la recombinaison entre différentes souches de norovirus (qui n’est pas un coronavirus) permet d’échapper rapidement à l’immunité naturellement acquise et conduit à de nouvelles pandémies de gastro-entérite.

Plusieurs preuves de ces recombinaisons

« Les preuves de cette recombinaison sont de plus en plus nombreuses « , déclare Sergei Pond, de l’université Temple de Philadelphie, en Pennsylvanie, qui n’a pas participé aux deux projets. Il souligne que, pour l’instant, la recombinaison et la mutation ordinaire présentent des niveaux de menace similaires, mais que cela pourrait changer. « Elle [la recombinaison] n’est pas un moteur majeur de l’évolution à ce stade – les souches recombinantes sont rares – mais elle va probablement prendre de l’importance. »
Cette recherche a été prépubliée en deux parties; BioRxiv et BioRxiv.
Source : New Scientist
Crédit photo : Pixabay