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Une équipe d’éminents scientifiques a confirmé l’hypothèse controversée selon laquelle des fragments génétiques du coronavirus pandémique peuvent s’intégrer dans nos chromosomes et y rester longtemps après la fin de l’infection. S’ils ont raison – les sceptiques ont fait valoir que leurs résultats sont probablement des artefacts de laboratoire – ces insertions pourraient expliquer la rareté des cas où des personnes se remettent de l’infection par le COVID-19 et sont à nouveau testées positives pour le SARS-CoV-2 des mois plus tard.

Une confirmation de l’intégration

Rudolf Jaenisch, biologiste spécialiste des cellules souches, et Richard Young, spécialiste de la régulation des gènes, du Massachusetts Institute of Technology, qui ont dirigé ces travaux, ont déclenché une tempête sur Twitter en décembre 2020, lorsque leur équipe a présenté l’idée pour la première fois dans une pré-publication sur bioRxiv.
Les chercheurs ont souligné que l’intégration virale ne signifiait pas que les personnes qui se remettaient du COVID-19 restaient infectieuses. Mais les critiques les ont accusés d’alimenter des craintes infondées selon lesquelles les vaccins basés sur l’ARN messager (ARNm) pourraient d’une manière ou d’une autre modifier l’ADN humain. (Janesich et Young soulignent que leurs résultats, à la fois originaux et nouveaux, n’impliquent en aucun cas que ces vaccins intègrent leurs séquences dans notre ADN).
Les chercheurs ont également présenté une série de critiques scientifiques, dont certaines sont abordées par l’équipe dans un article publié PNAS. « Nous avons maintenant la preuve sans équivoque que les séquences des coronavirus peuvent s’intégrer dans le génome », déclare M. Jaenisch.
Le SARS-CoV-2 possède des gènes composés d’ARN, et Jaenisch, Young et leurs coauteurs affirment qu’en de rares occasions, une enzyme présente dans les cellules humaines peut copier les séquences virales en ADN et les glisser dans nos chromosomes. Cette enzyme, la transcriptase inverse, est codée par des éléments LINE-1, des séquences qui occupent 17 % du génome humain et qui représentent des artefacts d’anciennes infections par des rétrovirus.
Dans leur pré-publication originale, les chercheurs ont présenté la preuve en tube à essai que lorsque des cellules humaines enrichies d’éléments LINE-1 supplémentaires étaient infectées par le coronavirus, des versions d’ADN des séquences du SARS-CoV-2 se nichaient dans les chromosomes des cellules humaines.

Des données trop minces

De nombreux chercheurs spécialisés dans les éléments LINE-1 et autres « rétrotransposons » ont estimé que les données étaient trop minces pour soutenir cette affirmation. « Si j’avais eu ces données, je n’aurais soumis aucune publication à ce moment-là », déclare Cedric Feschotte, de l’université Cornell, qui étudie les morceaux de rétrovirus endogènes dans le génome humain. Lui et d’autres ont également déclaré qu’ils s’attendaient à un travail de meilleure qualité de la part de scientifiques du calibre de Jaenisch et Young.
Dans deux études ultérieures, toutes deux publiées sur bioRxiv, les critiques ont présenté des preuves que les prétendues chimères de traces d’ADN humain et viral sont couramment créées par la technique utilisée par le groupe pour les rechercher dans les chromosomes. Comme l’a conclu un rapport, les séquences humaines-virales « sont plus susceptibles d’être un produit méthodologique [sic] que le résultat d’une véritable transcription, intégration et expression inversée ».
Dans leur nouvel article, Jaenisch, Young et leurs collègues reconnaissent que la technique qu’ils ont utilisée crée accidentellement des chimères humaines-virales. « Je pense que c’est un point valable », déclare Jaenisch. Il ajoute que lorsqu’ils ont soumis leur article à une revue, ils savaient qu’il nécessitait des données plus solides, qu’ils espéraient ajouter au cours du processus de révision. Mais la revue, comme beaucoup d’autres, exige que les auteurs publient immédiatement tous les résultats du COVID-19 sur un serveur de pré-publication. « J’aurais probablement dû dire « allez vous faire voir », je ne le mettrai pas sur bioRxiv. C’était une erreur de jugement », déclare M. Jaenisch.

Une analyse confirme l’hypothèse initiale

Dans le nouvel article de PNAS, l’équipe apporte la preuve que les artefacts ne peuvent à eux seuls expliquer les niveaux détectés d’ADN chimérique virus-homme. Les scientifiques montrent également que des portions d’éléments LINE-1 délimitent la séquence génétique virale intégrée, ce qui conforte leur hypothèse. Ils ont également collaboré avec l’un des premiers sceptiques, Stephen Hughes, du National Cancer Institute, qui a proposé une expérience visant à déterminer si l’intégration était réelle ou non, en se basant sur l’orientation des séquences virales intégrées par rapport aux séquences humaines. Les résultats confirment l’hypothèse initiale, déclare Hughes, coauteur du nouvel article. « Cette analyse s’est avérée importante », dit-il.
La véritable question est de savoir si les données de la culture cellulaire ont une quelconque pertinence pour la santé humaine ou le diagnostic. « En l’absence de preuve d’intégration chez les patients, le plus que je puisse retenir de ces données est qu’il est possible de détecter des événements de rétroposition de l’ARN du SARS-CoV-2 dans des lignées cellulaires infectées où L1 est surexprimé », déclare Feschotte. « La signification clinique ou biologique de ces observations, si elle existe, relève de la pure spéculation à ce stade. »
L’équipe de Jaenisch et de Young rapporte des indices d’intégration du SARS-CoV-2 dans les tissus de patients vivants et autopsiés atteints du COVID-19. Plus précisément, les chercheurs ont trouvé des niveaux élevés d’un type d’ARN qui n’est produit que par l’ADN viral intégré lorsque la cellule lit sa séquence pour fabriquer des protéines. Mais Young reconnaît , « nous n’avons pas encore de preuve directe de cela ».
Harmit Malik, spécialiste des virus anciens dans le génome humain au Fred Hutchinson Cancer Research Center, dit que c’est une « question légitime » de se demander pourquoi des personnes qui devraient avoir éliminé le virus ont parfois des tests de réaction en chaîne par polymérase positifs pour ses séquences. Mais il n’est pas non plus convaincu que l’explication réside dans l’intégration du virus. « Dans des circonstances normales, il y a si peu de machines de transcription inverse disponibles » dans les cellules humaines, dit Malik.

Une publication irresponsable quant aux vaccins

La polémique est devenue nettement plus civile depuis décembre. Young et Jaenisch affirment avoir reçu des critiques plus intenses pour leur pré-publication que pour n’importe quelle autre étude de leur carrière, en partie parce que certains chercheurs craignaient qu’elle ne fasse le jeu des sceptiques qui diffusent de fausses affirmations sur les vaccins à ARNm récemment autorisés. « S’il y a jamais eu une pré-publication qui devrait être supprimé, c’est bien celui-là ! Il était même irresponsable de le mettre en ligne en tant que pré-publication, compte tenu de l’absence totale de preuves pertinentes. Certains s’en servent maintenant pour semer le doute sur les nouveaux vaccins », avait alors publié Marie-Louise Hammarskjöld, microbiologiste à l’université de Virginie, dans un commentaire sur bioRxiv.
Source : Science
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