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Une équipe de chercheurs a découvert que huit enfants hospitalisés pour une pneumonie en Malaisie il y a plusieurs années, présentaient des signes d’infection par un nouveau coronavirus similaire à celui que l’on trouve chez les chiens.

Une menace potentielle

Seuls sept coronavirus étaient auparavant connus pour infecter l’homme, le dernier en date étant le SARS-CoV-2. La découverte de ce nouvel agent pathogène humain probable, ainsi que le signalement d’un coronavirus qui semble être passé du porc à l’homme il y a de nombreuses années, pourraient élargir considérablement la liste des membres de la famille virale qui constituent une nouvelle menace mondiale.
Les chercheurs n’ont pas établi de lien définitif entre ces deux nouveaux virus et les maladies humaines. Et rien ne prouve que ces deux nouveaux coronavirus puissent se transmettre d’une personne à l’autre – chaque infection peut avoir été un saut sans issue vers une personne à partir d’un hôte non humain.
Mais de nombreux chercheurs craignent que ces virus n’acquièrent cette capacité chez l’homme ou chez les animaux qu’ils infectent normalement. La séquence complète du génome du virus trouvé chez un patient malaisien, publiée dans Clinical Infectious Diseases, révèle une chimère de gènes provenant de quatre coronavirus : deux coronavirus canins précédemment identifiés, un connu pour infecter les chats et ce qui ressemble à un virus porcin.
Contrairement au SARS-CoV-2 et à d’autres coronavirus humains connus, « nous n’avons pas de preuve claire que cette souche [de coronavirus] particulière est mieux adaptée à l’homme en raison de sa structure en épi », explique la virologue vétérinaire Anastasia Vlasova de l’Université d’État de l’Ohio (OSU), Wooster, auteur principal de cette étude.
Les infections humaines dues aux coronavirus canins pourraient se produire « à une fréquence beaucoup plus élevée que nous ne le pensions auparavant », ajoute-t-elle. Il se peut que ce virus particulier ne se transmette pas d’une personne à l’autre, mais nous n’en sommes pas certains, avertit Mme Vlasova.

Une analyse de 301 patients hospitalisés

Les huit enfants dont Vlasova et ses collègues ont étudié les échantillons de tissu vivaient pour la plupart dans des maisons longues ou des villages traditionnels dans les zones rurales ou suburbaines du Sarawak, à Bornéo, où ils étaient probablement fréquemment exposés aux animaux domestiques et à la faune de la jungle. Ils faisaient partie des 301 patients hospitalisés pour une pneumonie en 2017-18 et les chercheurs ont analysé leurs échantillons nasopharyngés – des tissus de la partie supérieure de la gorge – pour détecter une grande variété de coronavirus humains et non humains.
Les diagnostics hospitaliers standard pour la pneumonie ou d’autres maladies respiratoires n’auraient pas détecté les coronavirus du chien et du chat. Jusqu’à récemment, personne ne recherchait ces virus chez les patients atteints de telles maladies. « Ces coronavirus canins et félins sont partout dans le monde », affirme M. Perlman.
Les scientifiques divisent les coronavirus en quatre genres – alpha, bêta, gamma et delta – et le nouveau est un alpha. Il s’agit du troisième coronavirus alpha à infecter l’homme ; les deux autres provoquent des rhumes courants, et la plupart des gens y sont exposés dès le début de leur vie.

Les adultes pourraient avoir une certaine immunité

Ce schéma peut expliquer pourquoi seuls les enfants ont peut-être été rendus malades par ce nouveau coronavirus. Ralph Baric, virologue à l’Université de Caroline du Nord, Chapel Hill, suggère que les adultes pourraient avoir une certaine immunité contre le coronavirus alpha nouvellement découvert en raison de leur exposition répétée aux deux autres.
En mars, des chercheurs de l’Université de Floride ont rapporté dans une pré-publication medRxiv la première preuve d’un coronavirus delta porcin qui infecte les humains, dans le sérum de trois enfants haïtiens qui ont eu de la fièvre en 2014-15. Les chercheurs ont transféré les échantillons de sérum dans des cellules de singe et ont pu cultiver des virus qu’ils ont fait correspondre, génétiquement, à des coronavirus porcins connus. (Ces travaux ont été soumis à une revue à comité de lecture).
On pensait autrefois que les coronavirus delta n’infectaient que les oiseaux. Puis, en 2012, un coronavirus delta a infecté des porcs à Hong Kong. Il « semble être passé des oiseaux chanteurs », explique Linda Saif, coronavirologue à l’OSU, qui a isolé le virus dans des cultures cellulaires de porcs.

Des études pour évaluer les infections inter-espèces

Le même virus a provoqué une importante épidémie mortelle de maladie diarrhéique chez des bébés porcs aux États-Unis en 2014. Depuis, il a été démontré qu’il pouvait infecter des lignées cellulaires d’humains, de porcs et de poulets ; des études en laboratoire ont montré que ce virus provoque une infection persistante et une maladie diarrhéique lorsqu’il est introduit dans la volaille. « Il est à part, un virus de type champ gauche qui infecte à la fois les espèces aviaires et les mammifères », explique Baric. « Il n’y a pas d’autres coronavirus qui, à ma connaissance, peuvent faire cela ».
Certains virologues ont qualifié ce coronavirus delta de Hong Kong de menace de pandémie. Le virus haïtien est très différent et les virologues veulent tester les enfants et les adultes locaux pour détecter les anticorps contre ce virus. Si sa capacité à infecter des personnes est confirmée, il pourrait également être considéré comme une menace de pandémie, selon M. Saif.
Ensemble, ces deux rapports soulignent l’importance des maladies animales dans la santé publique et la nécessité de vaccins contre les coronavirus pour les animaux domestiques. « Cette recherche montre clairement que d’autres études sont désespérément nécessaires pour évaluer les questions essentielles concernant la fréquence de la transmission inter-espèces [du coronavirus] et le potentiel de propagation inter-humaine », déclare Baric.
Source : Science
Crédit photo : StockPhotoSecrets 

Deux autres coronavirus peuvent infecter les gensmartinBiologie
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