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Des vaccins sûrs et efficaces permettent d’espérer la fin de la pandémie de COVID-19. Cependant, l’émergence possible de variants du SARS-CoV-2 résistants au vaccin, ainsi que de nouveaux coronavirus, rend plus importante que jamais la recherche de traitements efficaces contre tous les coronavirus.

Des séquences hautement conservées

Maintenant, des chercheurs ont analysé les protéines virales de 27 espèces de coronavirus et des milliers d’échantillons provenant de patients atteints du COVID-19, et ont identifié des séquences hautement conservées qui pourraient constituer les meilleures cibles pour les médicaments.

Les médicaments se fixent souvent à l’intérieur de « poches » sur les protéines qui les retiennent étroitement, ce qui les fait interférer avec la fonction de la protéine. Les scientifiques peuvent identifier les poches potentielles de fixation des médicaments à partir des structures 3D des protéines virales. Toutefois, avec le temps, les virus peuvent muter leurs poches protéiques de sorte que les médicaments n’y trouvent plus leur place.

Mais certaines poches de liaison aux médicaments sont tellement essentielles à la fonction de la protéine qu’elles ne peuvent pas être mutées, et ces séquences sont généralement conservées au fil du temps, dans le même virus et dans des virus apparentés.

Matthieu Schapira et ses collègues ont voulu trouver ces poches de liaison aux médicaments les plus conservées dans les protéines virales provenant d’échantillons de patients atteints du COVID-19 et d’autres coronavirus, révélant ainsi les cibles les plus prometteuses pour les médicaments contre les coronavirus.

Ils ont utilisé un algorithme informatique

L’équipe a utilisé un algorithme informatique pour identifier les poches de liaison aux médicaments dans les structures 3D de 15 protéines du SARS-CoV-2. Les chercheurs ont ensuite trouvé les protéines correspondantes dans 27 espèces de coronavirus et ont comparé leurs séquences dans les poches de liaison aux médicaments.

Les deux sites médicamenteux les plus conservés étaient une poche chevauchant le site de liaison à l’ARN de l’hélicase nsp13 et une poche de liaison contenant le site catalytique de l’ARN polymérase ARN-dépendante nsp12. Ces deux protéines sont impliquées dans la réplication et la transcription de l’ARN viral.

Cette poche de liaison au médicament de la protéine nsp13 était également la plus conservée parmi les milliers d’échantillons de SARS-CoV-2 prélevés chez les patients de cette étude atteints du COVID-19, sans aucune mutation.

Des médicaments font l’objet d’essais cliniques de phase II et II

Les chercheurs affirment que de nouveaux médicaments antiviraux ciblant le site catalytique de la nsp12 font actuellement l’objet d’essais cliniques de phase II et III pour le COVID-19, et que le site de liaison à l’ARN de la nsp13 est une cible jusqu’ici peu explorée qui devrait être une priorité élevée pour le développement de futurs médicaments.

Cette recherche a été publiée dans Journal of Proteome Research.

Source : American Chemical Society
Crédit photo : StockPhotoSecrets