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Des scientifiques des National Institutes of Health (NIH) ont mis au point une nouvelle méthode de préparation des échantillons pour détecter le SARS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19. Cette méthode permet de se passer de l’extraction du matériel génétique de l’ARN du virus, ce qui simplifie la purification des échantillons et peut réduire la durée et le coût du test.

Une méthode plus rapide et moins coûteuse

Cette méthode est le fruit d’une collaboration entre des chercheurs du National Eye Institute (NEI), du NIH Clinical Center (CC) et du National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR).

Les tests de diagnostic restent un outil crucial dans la lutte contre la pandémie de COVID-19. Les tests standard de détection du SARS-CoV-2 consistent à amplifier l’ARN viral jusqu’à des niveaux détectables à l’aide d’une technique appelée PCR quantitative par transcription inverse (RT-qPCR).

Mais il faut d’abord extraire l’ARN de l’échantillon. Les fabricants de kits d’extraction de l’ARN ont eu du mal à répondre à la demande pendant la pandémie de COVID-19, ce qui a entravé la capacité de test dans le monde entier. Avec l’apparition de nouveaux variants de virus, le besoin de tests plus performants et plus rapides est plus grand que jamais.

Une équipe dirigée par Robert B. Hufnagel, chef de l’unité de génétique médicale et de génomique ophtalmique du NEI, et Bin Guan, chercheur au laboratoire de génomique ophtalmique du NEI, a utilisé un agent chélateur fabriqué par la société de fournitures de laboratoire Bio-Rad, appelé résine Chelex 100, pour préserver l’ARN du SARS-CoV-2 dans les échantillons en vue de sa détection par RT-qPCR.

De très bons résultats

« Nous avons utilisé des échantillons de nasopharynx et de salive avec différentes concentrations de virions pour évaluer s’ils pouvaient être utilisés pour la détection directe de l’ARN », a déclaré Guan, l’auteur principal d’un rapport sur cette technique. « La réponse a été positive, avec une sensibilité nettement supérieure. En outre, cette préparation inactivait le virus, ce qui rendait plus sûre la manipulation d’échantillons positifs par le personnel de laboratoire. »

L’équipe de Hufnagel a fait sa découverte en testant une variété de produits chimiques en utilisant des échantillons synthétiques et humains pour identifier ceux qui pouvaient préserver l’ARN dans les échantillons avec une dégradation minimale tout en permettant la détection directe du virus par RT-qPCR.

Pour valider ce test, Blake M. Warner, du NIDCR, et son équipe ont recueilli des échantillons de patients (selon le protocole de recherche NIH IRB 20-D-0094) et les ont stockés soit dans un milieu de transport viral, soit dans le tampon chélateur-résine nouvellement développé au NIH Symptomatic Testing Facility.

Les échantillons dans le milieu de transport viral ont été testés par l’équipe de test COVID-19 du centre clinique du NIH, dirigée par Karen M. Frank, en utilisant l’extraction conventionnelle de l’ARN et le test RT-qPCR. Les échantillons dans le tampon chélateur-résine ont été chauffés et l’ARN viral a ensuite été testé par RT-qPCR. Cette nouvelle préparation a permis d’augmenter considérablement le rendement en ARN disponible pour les tests, par rapport à la méthode standard.

Une méthode ayant plusieurs avantages

« Nous pensons que cette nouvelle méthode présente des avantages évidents en matière d’augmentation de la sensibilité, de réduction des coûts et de gain de temps pour les tests », a déclaré M. Hufnagel. « Cette méthode stabilise l’ARN à température ambiante pour faciliter le transport, le stockage et la manipulation en milieu clinique. »

Cette recherche a été publiée dans iSCIENCE.

Source : National Institutes of Health
Crédit photo : iStock

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